28. april 1947 ble Kon-Tiki-flåten tauet ut fra havnen i Callao i Peru for å drive med Humboldt-strømmen. 101 dager senere, etter å ha krysset 8000 km av Stillehavet, ble flåten skylt i land på Raroia-revet langt inne i Polynesia.

Seks menn utgjorde mannskapet: Thor Heyerdahl, ekspedisjonsleder; Herman Watzinger, ansvarlig for meteorologiske og tekniske undersøkelser; Knut Haugland og Torstein Raaby, begge radiooperatører som opprettholdt kontakten med radioamatører; Erik Hesselberg, navigatør, som kartla flåtens bevegelser; og den svenske sosiologen Bengt Danielson, som fungerte som stuert.

Formålet med ekspedisjonen var å teste hvor sjødyktige søramerikanske balsaflåter var, og å undersøke om det var praktisk mulig for Perus opprinnelige urinnvånere, inkaene og deres siviliserte og kulturelle forgjengere, å nå fram til øyene langt ute i det åpne Stillehavet

.

I over ett århundre hadde vitenskapsmenn diskutert om balsaflåter var sjødyktige og i hvilken grad de innfødte i Sør-Amerika kan ha bidratt til å befolke stillehavsøyene.Ekspertene hadde endelig konkludert med at balsaflåter absorberer vann og derfor bare kunne brukes langs kysten i hjemlige strøk, der de kunne tas opp på strendene med jevne mellomrom for å tørke i solen. På grunn av den generelle skepsisen til tidlige navigasjonsmetoder i fortidens Sør-Amerika, var det enighet om at før de europeiske skipene kom på banen kunne Polynesia av praktiske årsaker bare nås fra Asia.Denne generelt aksepterte teorien sto i kontrast til emigrasjonsteorien for Stillehavet som Thor Heyerdahl hadde prøvd å få gehør for i en årrekke.


Det var i et forsøk på å kaste lys over disse problemstillingene at han organiserte Kon-Tiki-ekspedisjonen.I samarbeid med peruanske myndigheter bygget ekspedisjonsmedlemmene en balsaflåte i Callaos havneområde.

Flåten var en kopi av flåtene som ble brukt av indianerne langs kysten av Peru og Ecuador på den tiden da de første europeerne kom. Denne typen store sjøgående flåter, med en kapasitet på opptil 35 tonn, ble observert og skildret i detalj fra 1526 og framover av de spanske pionerene som først oppdaget og koloniserte den søramerikanske stillehavskysten. I ørkengraver langs kysten av Peru og i Nord-Chile er det dessuten blitt gravd ut store mengder med nydelig utskårne årer, senkekjøler og små modeller av flåtene. Noen av disse kan dateres tilbake til de første århundrene etter Kristi fødsel.

Ekspedisjonens testflåte var mellomstor, besto av ni 2-fots balsastokker med en lengde på mellom 30 og 45 fot, hvorav den lengste stokken lå i midten. Stokkene var lasket sammen til krysstenger av balsa som støttet opp et sammenflettet bambusdekk og en åpen bambuskahytt. Med en dobbelmast med en bambusrå som bar et firkantet seil, fem senkekjøler festet i sprekker mellom stokkene og en solid balsablokk som støttet en lang styreåre, var konstruksjonen komplett.


Flåten fikk navnet «Kon-Tiki» etter en legendarisk solkonge som ifølge inkahistorien skal ha hersket over landet deres før inkaene kom, hvorpå han skal ha emigrert til Stillehavet. Vel til sjøs viste Kon-Tiki seg å være meget sjødyktig og å ha en enestående bæreevne. Hver dag ble flåten drevet vestover og bort fra Sør-Amerika av de sterke passatvindene og Humboldt-strømmen, som begge holdt stø kurs mot Polynesia.

Det var også tilgang på rikholdige forsyninger av mat i Humboldt-strømmen – spiselige flyvefisker og små blekkspruter skulle til og med vise seg å lande ombord helt av seg selv, hver eneste dag. Under flåten var det hele tiden en rekke delfiner, pilotfisk, haier, makrellfisk og av og til tunfisk, så vel som spiselig plankton.

Det var mulig å samle små mengder regnvann, og man kunne presse ut lymfevæske av de alltid tilstedeværende fiskene for å slokke tørsten.Flåten fikk dessuten fra tid til annen besøk av hvaler, og to eksemplarer av Gempylus eller slangemakrell hoppet om bord fra dypet, en fisk som aldri før hadde vært sett av noe levende menneske.

Ved en anledning fikk de seks mennene stifte bekjentskap med verdens største fisk på nært hold – en hvalhai som svømte rett under flåten.

Flåten ble utsatt for to stormer, hvorav den ene varte i fem dager.

Men balsastokkene red på bølgene med imponerende letthet, og etter som vannmassene slo ned på flåtens bakstavn, rant de ut gjennom sprekkene mellom stokkene.

En større fare som truet var å bli kastet overbord av de sterke vindene. En gang mistet de nesten en mann på grunn av dette.Etter 93 dager til sjøs så ekspedisjonen land for første gang idet flåten drev hjelpeløst forbi Puka-Puka på østsiden av Tuamotu-øygruppen.


Fire dager senere passerte Kon-Tiki så nære Angatau-øyen at lokalbefolkningen padlet ut til flåten med kanoene sine, men enda en gang ble den blåst videre.Da man etter 101 dager hadde nådd Raroia, ble flåten fanget av bølgene og knust mot vindsiden av et korallrev rett utenfor øya. Mannskapet kom seg på land, og etter en uke ble de funnet av lokalbefolkningen – polynesiere som bodde på den andre siden av den brede lagunen.

Den skadde flåten ble til slutt skylt rett over revet og inn i den rolige lagunen, der den ble reddet, tauet til Tahiti og fraktet tilbake til Norge assistert av franske myndigheter og norske skipseiere. I 1949 hadde en rekke nordmenn som var ivrige etter å skape et framtidig hjem til dette unike fartøyet, reist en passende bygning på Bygdøy i utkanten av Oslo.

Besetningsmedlem Knut Haugland tok fatt på oppgaven i samarbeid med Thor Heyerdahl med å bygge Kon-Tiki Museet. Den første byggningen sto ferdig 15 mai 1950.